越前国一宮で、北陸道総鎮守と称する。延喜の制では祭神七座ともに名神大社に列せられている。また、境内社のうち摂社の角鹿〔つぬが〕神社をはじめ、大神下前〔おおみわしもさき〕神社、天利剣〔あまのとつるぎ〕神社、天伊弉奈彦〔あめのいざなひこ〕神社、天伊弉奈姫〔あめのいざなひめ〕神社が式内社である。
伊奢沙別命は笥飯（気比）大神〔けひのおおかみ〕、御食津大神〔みけつおおかみ〕とも称し、古くから当地に鎮座する神である。残りの祭神６柱は後に合祀されたという。
文献上では、『古事記』に応神天皇が太子の頃、禊ぎを行うために武内宿禰に伴われて角鹿（敦賀）へ赴いた際、夢に伊奢沙和気（伊奢沙別）大神が現れ、名前を交換したいと申し出たことが記されている。応神天皇はその名を称えて「御食津神」と名付けたことから、気比大神と称するようになったという。
また『日本書紀』には、神功皇后が武内宿禰・皇子誉田別尊（応神天皇）らに角鹿の笥飯大神を参拝せしめたこと、応神天皇が太子として初めて角鹿に赴いて笥飯大神を拝した際、大神と名前を交換したこと、持統天皇６年（692）神封20戸を寄進したことなどが記されており、古くから北陸の大社として重んじられていたことが伺われる。
社伝によれば、伊奢沙別命は二千年余り前に天筒山に降臨した後、現在「土公〔どこう〕」と称される境内の聖地に鎮座した。その後、大宝２年（702）社殿が造営され、仲哀天皇と神功皇后を合祀して本宮とした。その後、日本武尊を東殿宮に、応神天皇を総社宮に、玉姫命を平殿宮に、武内宿禰を西殿宮に祀って四社之宮と称した。
朝廷・武門の崇敬極めて篤く、宝亀元年（770）の中臣葛野連飯麻呂をはじめ、勅使による奉幣がたびたびであった。『新抄格勅符抄』の大同元年牒（806）には神封234戸と見える。承和６年（836）に正三位勲一等から従二位に進み、嘉祥３年（850）に正二位、貞観元年（859）従一位、宇多天皇の御代には正一位勲一等となっている。また承和７年（840）には御子神の天利剣神（天利剣神社）・天比女若御子神（天伊弉奈姫神社）・天伊佐奈彦神（天伊弉奈彦神社）に従五位下が奉授されている。
正安３年（1301）遊行上人２世の他阿真教上人が敦賀に滞在した際、気比社の西参道のあたりが沼地で、参拝者が難渋していることを知り、上人自らが先頭に立って、神官・僧侶・信者らとともに浜から砂を運んで道を改修した。この故事に因み、今も時宗の総本山・清浄光寺の遊行上人が交代したときには「遊行上人のお砂持神事」が行われる。
延元元年（1336）大宮司・気比氏治・斎晴父子は金ヶ崎城に後醍醐天皇の皇子である尊良親王・恒良親王を迎えた。しかし翌２年（1337）高師泰率いる足利軍６万余が押し寄せ、奮戦虚しく落城、尊良親王・新田義顕らとともに自害した。現在、金崎宮の摂社・絹掛神社に祀られている。
元亀元年（1570）織田信長の越前侵攻に際して大宮司・気比憲直は国主・朝倉氏を支援し、一族・神兵・社僧を挙げて天筒城に立て籠もり、織田の軍勢と激戦を演じた。そのため社殿・寺坊は焼失、社領は没収されて48家の祠官、36坊の社僧は離散して、祭祀は廃絶した。
その後、慶長19年（1614）越前藩主となった結城秀康は社殿を再建し、社家８家を再興、社領100石を寄進した。この社殿は明治39年（1906）旧国宝に指定されたが、惜しくも昭和20年（1945）戦災のために焼失した。なお、大鳥居は正保２年（1645）の建造で明治34年（1901）旧国宝に指定、現在は重要文化財である。
明治４年（1871）国幣中社に列格、同28年（1895）官幣大社に昇格、さらに神宮号を宣下されて気比神宮と称する。昭和20年（1945）空襲のために社殿その他の諸施設が焼失。同25年（1950）本殿、同37年（1962）拝殿を再建。同57年（1982）以降「昭和の大造営」として本殿を改修、幣殿・拝殿・儀式殿等が造営され、平成に入って四社の宮が再建された。
摂社の角鹿神社は都怒我阿羅斯等命〔つぬがあらしとのみこと〕を祀るが、敦賀（古くは角鹿〔つぬが〕）の地名はその名に因むとされる。都怒我阿羅斯等命は任那の王子で、崇神天皇の御代に気比の浦に上陸し、貢ぎ物を奉った。そこで天皇は気比神宮の司祭とこの地の統治を委ねたという。その政所の跡に創建されたのが角鹿神社の創祀とされる。末社の大神下前神社は大己貴命を祀る。気比大神四守護神の一で、もとは天筒山の麓に祀られていたが、明治になって現在地に遷座したという。
高野山・丹生都比売神社の気比明神は、弘法大師が末社・金〔かねの〕神社の霊鏡を遷したものとされる。末社・林神社は越中国礪波郡の式内社・林神社と同体で、伝教大師がこの社の霊鏡を遷したのが日吉大社の末社（下七社）・気比社であるという。
